Ebola : il n’y a plus un seul, mais bien trois virus différents circulant aujourd’hui en Guinée

Bonjour

Un virus hier, désormais trois variants. En période d’épidémie la génétique virale peut avancer à grands pas. La démonstration en est une nouvelle fois apportée avec la publication dans Nature (1) d’un travail international établissant la circulation, désormais, en Guinée de trois variants du virus identifié initialement, il y a plus d’un an, par l’équipe dirigée par Sylvain Baize (Institut Pasteur, Lyon) – travail publié dans The New England Journal of Medicine.  (voir également ici)

Aujourd’hui le travail est signé dans Nature par des chercheurs de l’Institut Pasteur de Dakar et de Paris, du CNRS ainsi que de l’université de Sydney. Il a donné lieu à un communiqué diffusé par le service de presse de l’Institut Pasteur de Paris qui explique que ce travail va permettre « de retracer la diffusion du virus et de suivre son évolution dans le pays où l’épidémie a débuté ». Ces travaux révèlent notamment la circulation conjointe (dans les régions urbaines de la capitale et des villes voisines) des variations génétiques du virus. C’est une donnée essentielle  pour s’assurer de l’efficacité continue des outils de diagnostic, et (le cas échéant) pour le développement de traitements et de vaccins.

Guinée forestière

L’épidémie d’Ebola sévit en Afrique de l’Ouest depuis plus d’un an : 27 341 cas et 11 184 morts sont à ce jour rapportés par l’OMS. Le point de départ de l’épidémie a été identifié dans une région forestière de Guinée (au Sud-Est du pays), mais très rapidement la capitale guinéenne a été touchée.

Dès mars 2014, l’Institut Pasteur de Dakar avait installé un laboratoire mobile au sein de l’hôpital de Donka (Conakry) pour contribuer aux efforts de diagnostic en Guinée. Cette implication de volontaires de l’Institut Pasteur et de son réseau, aussi mobilisés dans d’autres régions de Guinée comme à Macenta, s’est poursuivie durant toute la durée de l’épidémie. Pour mettre au point de meilleures stratégies de traitement, concevoir des vaccins efficaces, et s’assurer de l’efficacité continue des outils de diagnostic, il est essentiel de suivre l’évolution du génome du virus Ebola.

Les trois variants

Le premier variant (GUI-1) est très proche des premiers échantillons datant du début de l’épidémie (mars 2014). Ce variant se retrouve uniquement en Guinée, à la fois dans les régions urbaines (Conakry) et les régions forestières. Le deuxième variant (GUI-2) présente un lien de parenté avec des virus circulant en Sierra Leone mais pourrait correspondre à des virus ayant évolué parallèlement en Guinée. Ces séquences représentent le chaînon manquant ayant mené aux deux introductions d’Ebola au Mali, en octobre et novembre 2014.

Le troisième variant (SLE-GUI-3) a été détecté à Conakry et dans des villes voisines (Forecariah, Dalaba, Coyah). Ses très grandes similarités avec des virus trouvés en Sierra Leone s’ajoutent aux données épidémiologiques pour mettre en lumière de multiples réintroductions du virus Ebola depuis la Sierra Leone vers la capitale Guinéenne.

Dans les marges

Chaque variant est défini par une combinaison de mutations affectant différentes protéines du virus : notamment la protéine VP35 qui pourrait être un facteur de virulence, la glycoprotéine d’enveloppe du virus, ce qui pourrait moduler la perception du virus par le système immunitaire, ou encore la polymérase, qui est pourtant une région généralement plus conservée chez les virus.

Si cette étude met en lumière la diversité génétique des virus circulant au cours de l’épidémie en Guinée, la vitesse d’acquisition des mutations est tout à fait dans les marges déjà décrites pour ce genre de virus. Le suivi des variations du virus complète aussi les études épidémiologiques qui retracent les chaînes de transmission, et permettra de mieux adapter les stratégies de réponse face à de potentielles nouvelles épidémies. Enfin, l’étude des différentes mutations, déjà mises à disposition de la communauté scientifique, va permettre d’optimiser les traitements et les vaccins en cours de développement.

Virulence

« Il est clair que ces publications  donnent une image précise de la circulation et de l’évolution du virus à large échelle, ce qui est bien sûr une première, nous a expliqué Sylvain Baize. Pour autant on ne peut pas en tirer de conclusions quant à une éventuelle modification de virulence ou autre – modification qui n’est d’ailleurs pas étayée par l’épidémiologie. Ces différents éléments sont a priori rassurants pour ce qui est de la vitesse de mutation du virus dans la population humaine è vitesse pas très différente de celle habituellement observée. »

A demain

(1) « Source Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic », Nature, 24 juin 2015.  Travail dirigé par Etienne Simon-Loriere (Institut Pasteur, Functional Genetics of Infectious Diseases Unit, Paris ; CNRS URA3012 Hôtes, vecteurs et agents infectieux : biologie et dynamique, Paris) et coordonné par Amadou A. Sall (Institut Pasteur de Dakar).

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