Bonjour

C’est une nouvelle démonstration des considérables progrès accomplis dans le champ de la virologie et de la génétique moléculaire. C’est aussi la preuve du savoir faire et de la compétence d’une institution française séculaire – un monument parfois accusé d »être, du fait de vieilles et mystérieuses guerres intestines, en perte de vitesse : l’Institut Pasteur.

Résumons l’affaire.  Le 24 janvier 2020, le ministère français en charge de la santé confirmait trois premiers cas de patients touchés par le nouveau coronavirus (« de Wuhan »). Cinq jours plus tard l’Institut Pasteur, en charge de la surveillance des virus respiratoires en France, était parvenu à séquencer intégralement le génome de ce « 2019-nCoV ». « C’est là une première en Europe depuis le début de l’épidémie, obtenue grâce à la Plateforme de microbiologie mutualisée (P2M) de l’Institut Pasteur »  explique-t-on, rue du Docteur-Roux 1.

Dès le 24 janvier, à partir des échantillons disponibles, le séquençage du génome viral était lancé. Le Centre national de référence (CNR) préparait le matériel à séquencer qui serait pris en charge dès le 27 par « P2M ». Le 28, en début de soirée, le « run » de séquençage s’achevait et l’analyse des données permettait de disposer de la séquence du génome complet chez deux des trois premiers cas confirmés en France. « Nous prouvons ainsi l’efficacité du processus d’analyse par séquençage des virus mis en place par le CNR, se réjouit Vincent Enouf, responsable adjoint du CNR à l’Institut Pasteur. Nous avons procédé aux analyses de données durant la nuit du mardi au mercredi, corroborées dans la journée du mercredi par des contre-analyses, explique Vincent Enouf. Le séquençage complet a pu être réalisé en trois jours. »

« Il n’a pas eu besoin de muter pour s’adapter et se propager. »

Qu’apprend-on ? Selon l’Institut que les séquences sont identiques dans tous les prélèvements : un membre du couple contaminé a bien contaminé l’autre. Les deux séquences complètes des virus prélevés sur deux des premiers cas français ont été déposées le 30 janvier sur la plateforme du «Global initiative on sharing all influenza data » (GISAID) 2, initialement développée pour le partage des séquences et le suivi de l’évolution génétique des virus grippaux, essentiels pour la définition de la composition du vaccin contre la grippe.  Un onglet spécial « coronavirus » a été créé pour que la communauté scientifique collabore et avance plus vite.

On rappellera que les autorités chinoises avaient, dès le week-end du 11-12 janvier, partagé la séquence complète du génome du coronavirus qu’ils avaient détecté dans des échantillons prélevés sur leurs premiers patients. « La séquence du génome des pathogènes est cruciale pour développer des tests de diagnostic spécifiques et identifier les options d’intervention potentielles », souligne Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur.

Vincent Enouf : « Une vingtaine d’autres séquences du génome du nouveau coronavirus ont été établies dans le monde et, en les comparant avec les nôtres, nous nous apercevons qu’elles sont toutes très proches, il n’y a pas beaucoup de diversité dans les virus analysés ce qui va dans le sens que le coronavirus 2019-nCoV n’a pas eu besoin de muter pour s’adapter et se propager ».

Faut-il s’en féliciter ?

 A demain @jynau

1 La « P2M » est dédiée au séquençage génomique des souches (bactéries, virus, champignons, parasites) que reçoivent les Centres nationaux de référence et les Centres collaborateurs de l’Organisation mondiale de la santé dans le cadre de la surveillance des maladies infectieuses.

2 Euro Surveill. 2017 Mar 30;22(13). pii: 30494. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494. GISAID: Global initiative on sharing all influenza data – from vision to reality. Shu Y, McCauley J.