Parti Socialiste français : la moitié de l’emblème de son génome vient d’être décrypté

Bonjour

Qui dira que la fatalité n’existe pas ? Nous sommes le 1er mai 2018, jour sacré du muguet –  et nous venons d’apprendre qu’un consortium international de scientifiques-généticiens (dont de nombreux français) vient de décrypter le génome de la rose et des rosiers 1.

« Célébrée depuis l’Antiquité par de nombreux artistes, appréciée pour son parfum et la beauté de sa fleur, la rose est aujourd’hui la fleur coupée la plus achetée en France tandis que le rosier est une plante ornementale incontournable de nos jardins et de nos balcons, fruits de nombreux croisements et hybridations » nous rappelle l’Inra. Huit années de travaux combinées à des stratégies et des outils des plus innovants ont permis de séquencer et de déchiffrer l’ensemble de l’information génétique portée par les sept paires de chromosomes de Rosa chinensis« Old blush » et d’annoter la totalité de ses 36 377 gènes, constituant ainsi un génome de référence du genre Rosa. »

Qui dira que la science n’est pas passionnante ?  La comparaison de ce génome du genre Rosa avec ceux d’autres plantes de la famille des Rosacées (fraisier, framboisier, pommier, poirier, pêcher, prunier…) a montré que le rosier, le fraisier et le framboisier sont évolutivement très proches et a permis de reconstituer l’histoire de la rose au sein de la famille des Rosacées.

Floraison, reproduction, fragrances …

Les scientifiques ont étudié l’origine des chromosomes du rosier hybride « La France » – un rosier obtenu dans la région lyonnaise en 1867. « Cet hybride combine les caractères de vigueur de croissance des espèces européennes et la floraison pluriannuelle des espèces chinoises, nous explique l’Inra. Pour ce faire, ils ont projeté, sur le génome de référence, les données génomiques des principales variétés de rosiers, originaires d’Europe, du Moyen-Orient et de Chine et, qui ont contribué à la domestication du rosier. Ils ont ainsi identifié l’origine des gènes impliqués dans la définition des caractères les plus appréciés chez le rosier moderne, comme la floraison multiple, plutôt d’origine chinoise. »

Les chercheurs ont identifié les principaux gènes engagés dans la floraison, le développement de la fleur, la reproduction, la fragrance et la synthèse des pigments à l’origine des teintes rouges (famille des anthocyanes). Ils ont reconstitué les voies de biosynthèse dans lesquelles interviennent ces gènes. Ils ont notamment mis en évidence un groupe de gènes impliqués simultanément dans la régulation de la couleur et du parfum de la fleur.

Ces travaux constituent une base solide pour démêler les mécanismes moléculaires et génétiques qui régissent les caractères du rosier et leur diversité. À terme, ils contribueront à accélérer la sélection et l’amélioration de la qualité de la « Reine des fleurs ». Une Reine dont le Parti Socialiste français avait (pour partie) fait son emblème dès 1971. Un parti socialiste en voie d’évaporation qui, après avoir acté la vente de son siège historique parisien de Solférino (VIIe arrondissement) pour s’exiler à Ivry-sur-Seine (Val-de-Marne). Qui dira que la fatalité n’existe pas ?

A demain

1 « The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses ». Nature Genetics 2018, https://doi.org/10.1038/s41588-018-0110-3

Ont notamment participé à ces travaux : l’UMR « Reproduction et développement des plantes » (Inra, CNRS, ENS de Lyon, Univ. Claude Bernard Lyon 1) ; le Laboratoire des Interactions plantes-microorganismes (Inra, CNRS) ; l’UMR Biométrie et biologie évolutive (Univ. Claude Bernard Lyon 1, CNRS) ; l’UMR Ecologie des hydrosystèmes naturels et anthropisés (Univ. Claude Bernard Lyon 1, ENTPE, CNRS, Inra) ; l’Institut des Sciences des plantes de Paris-Saclay (CNRS, Univ. Paris-Sud, Inra, Univ. Evry, Univ. Paris-Diderot) ; le Genoscope, CEA ; le Laboratoire de Biotechnologies végétales appliquées aux plantes aromatiques et médicinales (Univ. Jean Monnet, CNRS) ; l’UR Genomique-Info, Inra ; l’UMR Génétique, diversité et écophysiologie des céréales (Inra, Univ. Clermont-Auvergne) ; l’Institut méditerranéen de la biodiversité et d’écologie marine et continentale (Univ. Aix Marseille, CNRS, IRD, Univ. Avignon et Pays du Vaucluse) ; l’Institut de Biologie moléculaire des plantes, CNRS.

Actualités du 1er mai: le sang contaminé, le prix du muguet, le moustique-tigre en liberté

Bonjour

1er mai. La France, fragrances lilas et glycines. Sur leurs moquettes, climatisées, les hauts fonctionnaires sanitaires français. Trop en faire, au nom de la « santé publique » ? Ne pas en faire assez, au risque d’être bientôt accusé, voire condamné ? Vieille histoire qui en France, débuta avec la relecture des trois affaires du sang contaminé 1.

Résurgence d’actualité : nos autorités nous appellent à la vigilance vis-à-vis de cet étranger radicalisé qu’est le « moustique-tigre ». Un méchant insecte, vecteur (notamment) du chikungunya, de la dengue et du zika. Un apatride désormais présent dans 42 départements de métropole.

Ce chiffre « a doublé ces deux dernières années », vient d’alerter le gouvernement. La capacité de ce « moustique-tigre » à transmettre des pathologies infectieuses « en fait une cible de surveillance prioritaire durant sa période d’activité en métropole du 1er mai au 30 novembre, précise, en première ligne, la Direction Générale de la Santé (DGS). Cette surveillance vise à la fois à ralentir la progression de l’implantation de l’insecte et à limiter le risque d’importation et de circulation des virus pathogène dont il peut être le vecteur. »

Eaux stagnantes de France

Ralentir l’activité moustiquale ? Possible ? Aura-ce un effet ? On peut l’espérer. Depuis ses bureaux parisiens climatisés la DGS rappelle l’importance de faire une croix sur les eaux stagnantes de France : enlever les soucoupes des pots de fleurs (ou les remplir de sable), changer l’eau de ses vases plusieurs fois par semaine, mettre à l’abri de la pluie tout objet pouvant se remplir d’eau. Le citoyen français entendra. Et ce d’autant que lui tendent les bras un portail en ligne (www.signalement-moustique.fr) et une application mobile, IMoustique (disponible sur l’AppStore sans oublier Google Play).

Trop en faire ? Ne pas en faire assez ? La DGS rappelle que onze cas autochtones de dengue ont été signalés dans le département de l’Hérault en 2014, sept cas autochtones de dengue dans le Gard en 2015 et dix-sept cas autochtones de chikungunya dans le Var en 2017. Combien à venir durant l’été qui vient ?

A demain

1 Sujet qui, étrangement, retrouve aujourd’hui une nouvelle actualité en Grande Bretagne comme nous l’apprend la BBC 

 

 

Vingt-deux personnes atteintes de bêta-thalassémie guéries grâce à la thérapie génique

Bonjour

Comment ne pas se réjouir ? C’est un succès majeur de la science génétique au service de la médecine. Sans être stricto sensu une « première » c’est une avancée thérapeutique considérable que signent, dans The New England Journal of Medicine 1, un groupe international de médecins et de chercheurs dirigés par la Pr Marina Cavazzana (Hôpital Necker-Enfants malades, Institut Imagine, AP-HP/Inserm/Université Paris Descartes). Cette publication fournit la démonstration qu’il est désormais possible de corriger l’anomalie génétique à l’origine de la  bêta-thalassémie, une affection sanguine héréditaire caratérisée par un dysfonctionnement majeur de l’hémoglobine.

Les auteurs de la publication rapportent leurs travaux menés auprès 22 patients traités en France, aux Etats-Unis, en Thaïlande et en Australie dans le cadre de deux essais cliniques ; les résultats démontrent que la thérapie génique mise au point il y a plus de dix ans est efficace pour améliorer l’état de santé et guérir les patients atteints de bêta-thalassémie. « Ces deux essais cliniques ont utilisé le même vecteur thérapeutique « LentiGlobin », développé à l’université d’Harvard à Boston et au CEA de Fontenay-auxRoses par le Pr. Philippe Leboulch, en collaboration avec la société américaine bluebird bio dont il est fondateur, explique-t-on à Paris. La Pr Marina Cavazzana, cheffe du département de biothérapie de l’Hôpital Necker-Enfants malades APHP, co-directrice de laboratoire du laboratoire Inserm de lymphohématopoïèse humaine à l’Institut Imagine, et son équipe ont traité des malades qui produisent désormais une hémoglobine thérapeutique en quantité suffisante pour arrêter le recours aux transfusions sanguines mensuelles. »

Des essais sur plusieurs continents

 Ces résultats plus que prometteurs sont obtenus huit ans après la première thérapie génique dans cette maladie, réalisée par les Pr Cavazzana et Leboulch. La bêta-thalassémie est l’une des maladies génétiques monogéniques les plus fréquentes. Causée par plus de 200 mutations du gène de la bêta-globine  elle se caractérise par des anémies plus ou moins sévère. Dans sa forme la plus grave cette affection nécessite des transfusions mensuelles, et un traitement contre les dépôts de fer causés, au sein de l’organisme, par ces transfusions. Un traitement curatif est parfois possible : une greffe de cellules de moelle osseuse, quand ils ne présentent pas un état clinique trop fragile et qu’ils ont un donneur compatible dans leur fratrie, ce qui n’est possible que dans environ 25% des cas.

Dans les deux essais cliniques commencés en 2013 et dont les résultats viennent d’être publiés les chercheurs ont prélevé des cellules souches sanguines des patients puis les ont modifiées à l’aide du vecteur « LentiGlobin BB305 » pour apporter un gène sain avant de les « greffer » (via une transfusion) aux malades. Ces cellules souches thérapeutiques ont ainsi produit des globules rouges à l’hémoglobine saine en quantité satisfaisante. La vie de ces patients a déjà radicalement changé et ils ont pu reprendre leurs activités scolaires ou professionnelles.

« Après la preuve de principe thérapeutique que nous avions obtenue chez un patient thalassémique et un patient drépanocytaire, ces essais multicentriques internationaux confirment la consistance et la magnitude de l’efficacité thérapeutique de notre vecteur chez de nombreux patients. Des essais cliniques de phase 3 sont maintenant en cours sur plusieurs continents avant d’effectuer la demande de mise sur le marché de ce médicament biologique» a déclaré le Pr Leboulch.

« La thérapie génique a de nouveau montré sa puissance thérapeutique, à condition que les expertises provenant de différents domaines soient réunies souligne pour sa part  la Pr Cavazzana. Notre effort doit maintenant porter sur l’extension de cette approche à un grand nombre de patients. » Comment ne pas se réjouir ?

A demain

1 « Gene Therapy in Patients with Transfusion-Dependent β-Thalassemia » N Engl J Med 2018;378:1479-93. DOI: 10.1056/NEJMoa1705342

A.A. Thompson, M.C. Walters, J. Kwiatkowski, J.E.J. Rasko, J.-A. Ribeil, S. Hongeng, E. Magrin, G.J. Schiller, E. Payen, M. Semeraro, D. Moshous, F. Lefrere, H. Puy, P. Bourget, A. Magnani, L. Caccavelli, J.-S. Diana, F. Suarez, F. Monpoux, V. Brousse, C. Poirot, C. Brouzes, J.-F. Meritet, C. Pondarré, Y. Beuzard, S. Chrétien, T. Lefebvre, D.T. Teachey, U. Anurathapan, P.J. Ho, C. von Kalle, M. Kletzel, E. Vichinsky, S. Soni, G. Veres, O. Negre, R.W. Ross, D. Davidson, A. Petrusich, L. Sandler, M. Asmal, O. Hermine, M. De Montalembert, S. Hacein-Bey-Abina, S. Blanche, P. Leboulch, and M. Cavazzana

La récente, réjouissante et très édifiante histoire de Libération et des antifongiques

 

Bonjour

Ne pas désespérer : sous la Macronie tous les contre-pouvoirs n’ont pas disparu. Un exemple réjouissant, édifiant,  en témoigne. Lundi 16 avril 2018 Libération publiait une tribune signée par un groupe de scientifiques 1 alertant sur la nocivité potentielle de certaines substances massivement utilisées dans la nature : « Une révolution urgente semble nécessaire dans l’usage des antifongiques ». Extraits :

« Nous sommes un collectif de chercheurs, cancérologues, médecins, et toxicologues, du CNRS, de l’Inserm, de l’Université, et de l’Inra. Au moment où se multiplient les communications alarmantes sur l’effondrement de la biodiversité en France, en Europe et dans le monde, il nous paraît urgent d’attirer l’attention sur les risques potentiels pour la santé humaine et l’environnement de l’usage d’une classe de pesticides, les SDHI (inhibiteurs de la succinate déshydrogénase), désormais utilisés à grande échelle comme antifongiques en agriculture. Ces fongicides visent à détruire les champignons, moisissures qui se développent sur les végétaux dans les cultures, les produits de récolte et les fruits. En France ce sont de l’ordre de 70 % des surfaces de blé tendre et près de 80 % de celles d’orge d’hiver qui sont traitées par les SDHI (données de 2014). S’y ajoute le traitement des semences, des fruits (raisins et des agrumes), mais aussi des pelouses, notamment celles des terrains de golf. (…)

Sur la base de nos tout récents résultats et pour ne pas reproduire les erreurs du passé, nous appelons à suspendre l’utilisation tant qu’une estimation des dangers et des risques n’aura pas été réalisée par des organismes publics indépendants des industriels distribuant ces composés et des agences ayant précédemment donné les autorisations de mise sur le marché des SDHI. »

Deux jours plus tard, victoire : l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) publie un communiqué qui commence ainsi :

« Dans une tribune récemment publiée dans la presse (sic) , plusieurs scientifiques ont souhaité alerter sur les risques potentiels pour la santé de l’usage en agriculture des fongicides inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHI). Dans ce contexte, l’Anses mobilise son expertise afin de prendre en compte l’ensemble des données scientifiques disponibles sur ce sujet et notamment examiner sans délai les éléments évoqués par les scientifiques lanceurs d’alerte. »

Cinq mois après

« Examiner sans délai »… La précision ne manque pas de sel quand on sait que le principal auteur de l’alerte, Pierre Rustin (équipe physiopathologie et thérapie des maladies mitochondriales, hôpital Robert-Debré, université Paris-Diderot) avait contacté l’Anses en novembre dernier… après la publication des ses derniers résultats potentiellement inquiétants : « A new threat identified in the use of SDHIs pesticides targeting the mitochondrial succinate dehydrogenase enzyme ».  Cinq mois plus tard, tribune dans Libé. Pierre Rustin racontait tout cela par le menu, cet après-midi, sur France-Inter, dans l’émission La Tête au carré.

Quelques heures plus tard, publication du communiqué de l’Anses. Mobilisation des troupes :

« Conformément à ses principes de traitement des alertes, l’Agence constitue un groupe d’experts dédié qui sera chargé d’auditionner les chercheurs auteurs de l’alerte, et d’examiner les éléments évoqués au regard de la littérature scientifique et des données issues de la phytopharmacovigilance. Ce travail aura notamment pour objectif d’évaluer si des éléments nouveaux doivent être portés au niveau européen et, si nécessaire, de prendre toute mesure de gestion des risques qui apparaitrait appropriée. »

Ne pas désespérer.

A demain

1 Paule Bénit PhD, ingénieure de recherches IR2 à l’Inserm, Dominique Chrétien PhD, ingénieur de recherches IR2 à l’Inserm Malgorzata Rak PhD, chargée de recherches CR1 au CNRS, Manuel Schiff MD, PhD, pédiatre, maître de conférences des universités, praticien hospitalier APHP, Pierre Rustin PhD, directeur de recherches CE au CNRS, unité Inserm UMR1141, (équipe physiopathologie et thérapie des maladies mitochondriales), hôpital Robert-Debré, université Paris-Diderot, Judith Favier PhD, directrice de recherches DR2 à l’Inserm, Anne-Paule Gimenez-Roqueplo MD, PhD, professeure, APHP-Université, unité Inserm UMR970 (équipe phéochromocytomes et paragangliomes), hôpital européen Georges-Pompidou, université Paris-Descartes, Sylvie Bortoli PhD, ingénieure de recherches IR1 à l’INSERM, UMR 1124, (équipe toxicologie, pharmacologie et signalisation cellulaire), université Paris-Descartes, Laurence Huc PhD, chargée de recherches CR1 Inra, unité Inra – Toxalim (équipe contaminants et stress cellulaire), université Toulouse-Paul-Sabatier.

La science à la poursuite de l’étrange : grossesse et électromagnétisme basse fréquence  

Bonjour

L’exposition chronique à des champs électromagnétiques a-t-elle un impact sur la santé ? Comment le mesurer ? Existe-t-il des personnes  « hypersensibles aux ondes » ? Comment le démontrer ? Tout ceci fait, depuis des années, l’objet d’une vaste polémique. Jamais tranchée. La science confrontée à l’étrange.

A verser au dossier, une communication présentée il y a quelques jours devant l’Académie nationale de pharmacie. « Exposition maternelle aux champs électromagnétiques extrêmement basse fréquence, prématurité et hypotrophie : données de la cohorte Elfe – Ghislaine Bouvier, Maître de Conférences 86e section, Université de Bordeaux, Inserm UMR 1219 équipe EPICENE. »

Objectifs: Etudier les relations entre l’exposition cumulée aux champs électromagnétiques d’extrêmement basse fréquence (EBF) au cours de la grossesse et le risque de prématurité modérée et d’hypotrophie au sein de la cohorte de naissance Elfe (Etude Longitudinale depuis l’Enfance).

Méthodes: En 2011, 18 329 enfants nés en France métropolitaine à 33 semaines d’aménorrhée ou plus ont été inclus dans la cohorte Elfe afin de les suivre jusqu’à leurs 20 ans. L’âge gestationnel et les données anthropométriques à la naissance ont été recueillis dans les dossiers médicaux et l’hypotrophie a été calculée à partir de courbes de croissances françaises personnalisées.

Lors des entretiens, il a été demandé aux mères de rapporter leur statut vis-à-vis de l’emploi au cours de leur grossesse. Les emplois déclarés ont été codés selon la Classification Internationale Type des Professions de 1988 et la date de cessation de l’activité professionnelle a été recueillie. L’exposition cumulée aux EBFs au cours de la grossesse a été estimée pour l’ensemble des mères, quel que soit leur statut vis-à-vis de l’emploi, grâce à une matrice emploi-exposition récemment mise à jour. L’exposition cumulée a été considérée de façon catégorielle, de façon binaire et de façon continue. Des modèles de régression logistique ajustés sur des facteurs de mode de vie maternel, des caractéristiques sociodémographiques et certains antécédents médicaux maternels ont été développés.

Résultats: L’exposition cumulée aux EBF a pu être déterminée pour 96,0% des mères. Les hauts niveaux d’exposition étaient rares. Aucune association significative n’a été observée entre les niveaux d’exposition cumulée aux champs électromagnétiques d’extrêmement basse fréquence au cours de la grossesse et la prématurité modérée ou l’hypotrophie.

«  Cette large étude en population générale ne suggère pas que des niveaux d’exposition maternelle aux EBFs de l’ordre de ceux observés ici puissent être fortement associés au risque de prématurité modérée ou d’hypotrophie » conclut prudemment l’auteure.

Versé au dossier. Le sujet est bien loin d’être épuisé.

A demain

 

Rage : la vapeur de la cigarette électronique peut-elle la transmettre aux vapoteurs ?

Bonjour

Nouvelle publication scientifique sur la cigarette électronique. Nouvelles suppositions, nouvelles extrapolations, nouvelles interrogations, nouveaux conditionnels.  L’affaire est rapportée par le menu dans Le Quotidien du Médecin (Fabienne Rigal). Où l’on découvre que la vapeur des cigarettes électroniques « aiderait » les pneumocoques à adhérer aux cellules des voies aériennes supérieures. Un travail publié dans le  European Respiratory Journal : « E-cigarette vapour enhances pneumococcal adherence to airway epithelial cells ».

« Nous savions que la fumée de cigarette aide les pneumocoques à adhérer aux cellules des voies aériennes, augmentant le risque d’infection, et nous voulions voir si la vapeur de cigarette électronique avait le même effet », explique le Pr Jonathan Grigg (Centre for Genomics and Child Health, Blizard Institute, Queen Mary University of London, London) auteur principal.

« Les auteurs ont dans un premier temps observé les effets de la vapeur d’e-cigarette sur le récepteur du facteur activant les plaquettes (RFAP), une molécule produite par les cellules épithéliales nasales, et dont de précédentes études avaient montré qu’elle favorisait l’adhésion des pneumocoques à ces mêmes cellules, résume Le Quotidien.  Ils ont donc exposé des cellules nasales humaines à de la vapeur d’e-cigarette (contenant ou non de la nicotine), et les ont comparées à des cellules non exposées à ces vapeurs. Et ils ont constaté que les cellules exposées (que la vapeur contienne ou non de la nicotine) produisaient trois fois plus de RFAP que les cellules non exposées. »

Voies aériennes et système immunitaire

Suivent une série de manipulations savantes usant de pneumocoques, de souris et de volontaires humains : onze vapoteurs (dont un utilisait une cigarette électronique sans nicotine) et six sujets contrôle (ne fumant ni ne vapotant). Le Quotidien :

« Les niveaux de RFAP dans les voies aériennes supérieures ont été mesurés chez l’ensemble des sujets. Avant vapotage (pour le groupe test), les niveaux de RFAP étaient les mêmes dans les deux groupes. Une heure après vapotage, les niveaux de RFAP avaient triplé chez les vapoteurs. Le fait que les niveaux avant vapotage ne soient pas augmentés chez les vapoteurs semble signaler que l’augmentation de l’expression de RFAP n’est pas persistante dans le temps. »

« Ces résultats dans leur ensemble suggèrent que le vapotage rend les voies aériennes plus vulnérables aux pneumocoques,  conclut le Pr GriggSi un usager de cigarette électronique est exposé à la bactérie, cela pourrait augmenter son risque d’infection. » A quand l’essai clinique ?

On pourrait en rester là, ne pas citer tout ceci. Ce serait compter sans les reprises et, une nouvelle fois, un sans les mauvais coup portés à la réduction des risques. Ainsi, signalé par Sébastien Beziau (www.sovape.fr), ce papier de Top Santé : « Les seniors qui vapotent ont plus de risque de pneumonie ». A lire aussi, sur le même site : « La cigarette électronique affaiblit le système immunitaire ».

A demain

Découverte franco-américaine : la vie humaine dans les étranges tic-tac de nos organes

Bonjour

On connaît la formule(post-Freud)  : « La santé, c’est la vie dans le silence des organes ». On oublie généralement le nom de son auteur : René Leriche (1879-1955), grand chirurgien aujourd’hui décrié. 8 février 2018. On songe soudain à Leriche à la lecture de ce communiqué de presse (sous embargo) que vient de nous adresser l’Inserm :

« Une équipe de chercheurs dirigée par Howard Cooper (Unité Inserm 1208  » Institut cellule souche et cerveau ») en collaboration avec des collègues américains fournit pour la première fois une cartographie inédite de l’expression des gènes, organe par organe, et selon le moment de la journée ; un travail colossal commencé il y a dix ans et qui a nécessité deux ans d’analyse. Ces résultats publiés dans Science 1 montrent combien il est important de tenir compte de l’horloge biologique pour administrer les médicaments au bon moment afin d’améliorer leur efficacité et d’en réduire les effets indésirables. Les chercheurs préparent désormais un atlas qui sera disponible pour l’ensemble de la communauté. »

Que découvre-t-on que le chirurgien Leriche ne pouvait connaître ? Qu’environ deux tiers des gènes codant pour des protéines sont exprimés de façon cyclique au cours des 24 heures – et ce avec des pics en matinée et en début de soirée. « Néanmoins, cette expression varie beaucoup d’un tissu à l’autre confirmant que, en plus de l’horloge centrale interne, chaque organe exprime sa propre horloge, nous enseigne l’Inserm.  Une équipe le prouve pour la première fois chez une espèce diurne et fournit une cartographie spatio-temporelle inédite de l’expression circadienne des gènes pour l’ensemble des organes. Ces travaux marquent une avancée majeure dans le domaine de la chronobiologie. »

Quid des rêves humains ?

Espèce « diurne » ? Jusqu’ici  les études destinées à explorer le rythme circadien dans les différents organes étaient menées principalement chez des animaux modèles comme la drosophile (travaux récompensés l’année dernière par le prix Nobel 2 ) et les espèces « nocturnes », en particulier la souris. L’horloge circadienne étant principalement synchronisée par le cycle de lumière jour-nuit, il eût été tentant d’inverser le cycle pour obtenir des données chez les animaux diurnes. « Mais les rongeurs ne sont pas seulement en décalage de phase par rapport à l’homme, ils ont aussi un mode de vie très différent : un sommeil fragmenté de jour comme de nuit contre un sommeil plus consolidé pendant la nuit pour les diurnes ou encore une alimentation permanente pendant la phase d’éveil nocturne alors que les hommes prennent  des repas répartis de façon régulière, nous rappelle l’Inserm.  Autant de facteurs qui contribuent également à la synchronisation de l’horloge biologique. Il était donc temps de travailler chez des espèces plus proches de l’homme pour en savoir plus chez ce dernier. »

Grand temps en effet. Et vaste travail. Les auteurs de cette publication ont analysé les ARNs de plus de 25 000 gènes de 64 organes et tissus – et ce toutes les deux heures et pendant vingt-quatre heures, chez des « primates non humains ». « Les organes principaux ont été passés au crible ainsi que différentes régions du cerveau. Au total, les chercheurs ont analysé 768 prélèvements, s’auto-esbaudit l’Inserm. Un travail colossal commencé il y a dix ans et qui a nécessité deux ans d’analyse ! Pour chacun d’entre eux, ils ont recherché, quantifié et identifié les ARN présents dans les cellules. Ces ARN deviennent ensuite des protéines ou restent à l’état d’ARN avec des propriétés régulatrices sur d’autres molécules. C’est ce qu’on appelle le transcriptome. »

Mais encore ? Les auteurs ont constaté que 80% des gènes exprimés de façon cyclique, codent pour des protéines assurant des fonctions essentielles de la vie des cellules comme l’élimination des déchets, la réplication et la réparation de l’ADN, le métabolisme, etc. Mais, il existe une très grande diversité des transcriptomes, c’est-à-dire de l’ensemble des ARN, présents dans les cellules des différents échantillons au cours des 24 heures.

Le nombre de gènes exprimés de façon cyclique varie en nombre (environ 3000 dans la thyroïde ou le cortex préfrontal contre seulement 200 dans la moelle osseuse) et en nature : moins de 1% des gènes « rythmiques » dans un tissu le sont également dans les autres tissus. Seuls points communs entre ces 64 tissus : les pics bien définis d’expression des gènes au cours de la journée – en fin de matinée et en début de soirée. Le premier, le plus important, survient entre 6 et 8 heures après le réveil avec plus de 11.000 gènes exprimés à ce moment-là dans l’organisme. Et le second moins intense voit environ 5000 gènes en action dans les tissus. Puis, les cellules sont quasiment au repos au cours de la nuit, particulièrement lors de la première partie de la nuit.

Ces résultats ont surpris leurs auteurs. « Cela prouve combien il est important de tenir compte de l’horloge biologique pour administrer les médicaments au bon moment de la journée afin d’améliorer l’efficacité et de réduire les effets indésirables, résume Howard Cooper, directeur de recherche, Unité Inserm 1208.  C’est pourquoi nous préparons un véritable atlas, sous forme de base de données consultable, pour permettre aux scientifiques du monde entier de connaitre enfin le profil d’expression de chaque gène dans les différents organes au cours de 24 heures. » Howard Cooper est directeur de l’équipe « Chronobiologie et Désordres Affectifs ».

Relire Freud ?

A demain

1  “Diurnal transcriptome atlas of a primate across major neural and peripheral tissues”

Ludovic S. Mure, Hiep D. Le1, Giorgia Benegiamo, Max W. Chang, Luis Rios, Ngalla Jillani, Ngotha Maini, Thomas Kariuki, Ouria Dkhissi-Benyahya, Howard M. Cooper,, SatchidanandaPanda

2 « Le Nobel 2017 de médecine attribué à trois horlogers-généticiens » Slate.fr, 2 octobre 2017